探針設計的原則具體體現如下：

1. 先選擇好探針，然后設計引物使其盡可能的靠近探針。

2. 所選序列應該高度特異，盡量選擇具有最小二級結構的擴增片段——這是因為二級結構會(huì )影響反應效率，而且還會(huì )阻礙酶的擴增。建議先進(jìn)行二級結構檢測，如果不能避免二級結構，那么就要相應提高退火溫度。

3. 擴增長(cháng)度應不超過(guò)400bp，理想的擴增長(cháng)度在100-150bp內，擴增片段越短，有效的擴增反應就越容易獲得。較短的擴增片段也容易保證分析的一致性。

4. 保持GC含量在20％和80％之間，GC富含區容易產(chǎn)生非特異反應，從而會(huì )導致擴增效率的降低，以及出現在熒光染料分析中非特異信號。

5. 為了保證效率和重復性，應避免重復的核苷酸序列，尤其是G（不能有4個(gè)連續的G） 。

6. 將引物和探針互相進(jìn)行配對檢測，以避免二聚體和發(fā)卡結構的形成。

在原理上與引物設計是比較類(lèi)似的。只是因為探針序列要求匹配度很高，所以對于探針的GC含量和Tm值都是有嚴格要求的，而且還要考慮到與上下游引物相匹配。假如你手頭已經(jīng)有了染料法的引物，然后想仍然使用這一對引物、在這一對引物對應的序列中間選一段作為探針可以嗎？我們不建議這么做。因為你單獨設計的上下游引物沒(méi)問(wèn)題，單獨設計的探針看起來(lái)也沒(méi)問(wèn)題，但把引物與探針?lè )旁谝黄?，就有可能出現參數不兼容的問(wèn)題。所以還是三者放在一起設計才好。